Pues no se porque sera, yo veo en 3D en 720p 120hz y no veo nada raro, pero mi proyector es el HD600X. Puede que tu cable hdmi no sea High speed, hay dos clases de cables hdmi, el de alta velocidad y el standard (aparte del 1.3 y 1.4) y puede que no llegue la suficiente informacion por no ser tan rapida la transferencia.

Tambien hay que tener en cuenta de ver la pelicula en 720p 3D ya que a lo mejor la pelicula que tienes es 1080p 3D y puede que tambien sea eso.

La otra opcion que se me ocurre es que tu tarjeta grafica no tenga el hardware de V-SYNC que es una parte del chip grafico que justamente controla esto, sincroniza la imagen para que cuando haga el barrido no desplace una imagen. Esto normalmente pasa cuando no hay suficiente potencia y entre fotograma y fotograma hay un instante que estan las dos imagenes, una encima de la otra, pero la de abajo es del fotograma mas actual y el de arriba es del fotograma anterior.

Sino hay suficiente potencia, lo que hace es esperar a cargar todo el fotograma y hasta que no esta del todo cargado no lo muestra en pantalla, asi se evitar este molesto efecto pero de esta manera bajan los fps (imagenes por segundo).

A ti te pasa algo asi.



Como ves, a mitad de la imagen esta el punto de interseccion del fotograma anterior con el fotograma actual.

En definitiva, tienes que intentar ganar velocidad, ya sea por el cable, o bajar la resolucion o ver si tu pc tiene la opcion de activar v-sync y esto no afecte a los fps minimos. Si quieres un consejo, baja los Hz a 24 (todas las peliculas estan grabada a 24 fotogramas por segundo) y aunque perderas algo de fluidez (que ni se nota) puede que se solucione el problema.

Sino es todo esto, no te puedo ayudar mas, hasta aqui llegan mis conocimientos.

Espero lo soluciones. Un saludo.